En attendant qu’une mission de l’OMS en Chine fasse la lumière sur les origines du SRAS-CoV-2, quelques éléments intéressants se dégagent sur l’histoire de l’évolution du coronavirus covidien. La première concerne la circulation de l’agent pathogène chez les chauves-souris avant que l’espèce ne fasse son saut : une étude publiée dans Nature Microbiology indique que la lignée qui a donné naissance au SRAS-CoV-2 circulait chez les chauves-souris depuis des décennies et comprenait d’autres virus capables d’infecter les humains. Le deuxième élément concerne les origines géographiques du virus covid qui, selon certains épidémiologistes, devraient être recherchées non seulement en Chine, mais aussi dans les pays limitrophes.
Un parmi tant d’autres. Des chercheurs de la Penn State University ont reconstitué l’histoire de l’évolution du SRAS-CoV-2 en considérant la relation entre ce virus et ses « proches parents » chez les chauves-souris et les pangolins. Les coronavirus ont un matériel génétique hautement recombinant, ce qui signifie que différentes régions de leur génome peuvent provenir de différentes sources. Il est difficile de retracer l’origine de cet agent pathogène, car il faut identifier les différentes « pièces » et rassembler leurs histoires respectives.
Des analyses ont montré que la lignée virale à laquelle appartient le SRAS-CoV-2 s’est séparée des autres virus de chauve-souris il y a 40 à 70 ans. Bien que le SRAS-CoV-2 soit génétiquement similaire (96%) à un coronavirus trouvé chez les chauves-souris Rhinolophus affinis des grottes du Yunnan en Chine, les chemins de ces deux pathogènes ont été génétiquement séparés (donnant naissance à des lignées différentes) en 1969. Un autre fait important est ressorti de l’étude : l’un des traits les plus anciens que le SRAS-CoV-2 partage avec ses « parents viraux éloignés » est ce qu’on appelle le domaine de liaison aux récepteurs (RBD) de la protéine de pointe, en pratique le point des protéines externes du virus qui permet à l’agent pathogène de reconnaître les récepteurs des cellules humaines à attaquer. Malheureusement, cela signifie que chez les chauves-souris, il peut y avoir de nombreux autres agents pathogènes capables de cibler les cellules humaines.
le rôle du pangolin. D’après la reconstruction de l’arbre généalogique du SRAS-CoV-2, il est également possible que, bien qu’il soit possible que les pangolins aient agi comme hôtes intermédiaires du virus facilitant son passage chez l’homme, cette étape n’était pas indispensable : les virus des chauves-souris n’ont pas besoin de la médiation d’un pangolin pour être infectés.
naturellement protégé ? Tout cela explique aussi en partie pourquoi de nombreux chercheurs pensent que le passage du SRAS-CoV-2 chez l’homme ne s’est pas nécessairement produit en Chine, mais plutôt dans les zones frontalières entre la Chine et le Vietnam, le Laos et le Myanmar : tous des endroits où la biodiversité des chauves-souris est élevée (et donc des zones potentielles de concentration de nombreux coronavirus différents) et où, cependant, les scientifiques ne concentrent pas leurs recherches. Il en est convaincu, comme le rapporte l’économiste Peter Daszak, directeur de l’organisation non gouvernementale EcoHealth Alliance, spécialisée dans les maladies émergentes.
Les chauves-souris Rhinolophus affinis, qui hébergent un coronavirus similaire au SRAS-CoV-2, vivent non seulement dans les grottes du Yunnan, mais aussi dans les pays voisins, et si l’on y regardait aussi, on pourrait trouver d’autres éléments génétiques permettant de reconstituer l’histoire du virus covid. Une corrélation qui fait réfléchir est que, bien qu’à la frontière avec la Chine, le Vietnam n’ait signalé que 300 cas de CoViD-19 et aucun décès : ses habitants pourraient, selon certaines hypothèses, avoir déjà été en contact avec un coronavirus similaire au CoV-2 du SRAS dans le passé, et avoir ainsi développé une certaine immunité généralisée contre les agents pathogènes de ce type.
