Covid, un nouveau test rapide basé sur le CRISPR

Un test rapide de covidification basé sur la technique CRISPR pourrait encore réduire le temps d’attente entre un tampon et sa réponse. Le test a été développé par un groupe de chercheurs coordonné par Jennifer Doudna, la pionnière de la technique CRISPR à l’Université de Berkeley (Californie), prix Nobel de chimie 2020 avec Emmanuelle Charpentier, précisément pour la découverte des ciseaux moléculaires.

Au début de la pandémie, Doudna avait décidé d’exploiter les laboratoires qu’il dirige pour tester le potentiel des médicaments existants contre le covid et de multiplier les tests pour le coronavirus, en utilisant les techniques les plus avancées disponibles.

Saut de qualité

Le nouveau test est basé sur un écouvillon nasal normal, mais donne un résultat en cinq minutes, sans nécessiter d’analyse de laboratoire coûteuse : s’il était mis sur le marché, il pourrait être adopté dans les écoles, les bureaux, les cabinets médicaux et partout où une réponse très rapide est nécessaire. Celui décrit dans un article pré-publié sur le MedRxiv n’est pas le premier test rapide basé sur le CRISPR : au cours des derniers mois, d’autres ont été développés qui donnaient une réponse au bout d’une heure – beaucoup plus rapide que les 24 heures traditionnelles.

Comment fait-il pour être aussi rapide ?

Les tests Covid basés sur la technique CRISPR sont capables d’identifier une séquence spécifique d’ARN du virus du SRAS-CoV-2 dans l’échantillon, d’une vingtaine de bases. Ils réussissent parce qu’ils sont basés sur une séquence d' »ARN guide » complémentaire de l’ARN cible, prêt à se lier à lui en cas de présence du virus. Lorsque cette liaison se produit, l’enzyme Cas13, un des outils de la boîte à outils CRISPR, s’active et commence à couper chaque brin d’ARN à proximité. Ces fragments coupés libèrent une particule fluorescente qui a été préalablement introduite dans une solution utilisée pour les tests, et signalent ainsi une éventuelle positivité.

Les premiers tests basés sur le CRISPR devaient jusqu’à présent amplifier l’ARN viral pour le rendre visible, tout comme ceux basés sur la réaction en chaîne de la polymérase inverse. Cela a demandé du temps, de l’argent et des réactifs, autant de choses qui, après huit mois de pandémie (mais aussi avant), commencent à se faire rares. L’équipe de Doudna a créé un test qui n’a pas besoin d’amplifier l’ARN du virus pour le détecter.

Plus sensible

Après avoir testé des centaines de combinaisons possibles d’ARN guides capables de fonctionner « en équipe » pour augmenter la sensibilité du test, l’équipe a trouvé un seul brin capable de détecter 100 000 virus par microlitre de solution. En ajoutant un autre qui fonctionne en tandem, ils ont pu trouver 100 particules virales par microlitre (millionième de litre) : une augmentation marquée de la sensibilité, bien qu’elle ne soit pas encore au niveau des résultats obtenus par les machines du laboratoire, qui trouvent une particule virale par microlitre.

Les cas les plus graves

Le fait de ne pas avoir à amplifier les séquences virales pour les trouver présente également un autre avantage : celui de pouvoir comprendre clairement la quantité de matériel génétique du virus présent dans l’échantillon. Le signal fluorescent apparaît également d’autant plus brillant que l’échantillon contient plus de virus : un instrument supplémentaire qui pourrait signaler immédiatement les patients dont la charge virale est élevée. Le test devra maintenant passer par une phase de validation avant de pouvoir être commercialisé.

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